Sejak tahun 2007, RSUP Prof. Dr. R.D. Kandou Manado menjadi Instansi Pemerintah yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum.

Pada tahun 2015 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI nomor HK.02.03./I/0824/2015 RSUP Prof. Kandou resmi beroperasi sebagai rumah sakit umum kelas tipe A.